El cambio climático, el crecimiento de las poblaciones circundantes, la deforestación y la erosión de los suelos ponen en jaque la supervivencia del lago de Pátzcuaro, habitado por seres vivos que igualmente tienen los días contados.
Entre las especies que se encuentran en el lago está el pez blanco, actualmente en peligro de extinción debido a la pesca desmesurada; sin embargo, existen otros que también luchan por sobrevivir en ese hábitat en riesgo.
En el manto de agua es posible encontrar también lobina negra, carpa de Israel, carpa herbívora, tilapia, acúmura y achoque, entre otros.
El achoque también es conocido como ajolote, su nombre científico es Ambystoma dumerilii, es una especie endémica de Michoacán, en donde su único hábitat existente es el lago de Pátzcuaro y la laguna de Zacapu.
La acúmura tiene un cuerpo plateado y con escamas reflectantes; es una especie de pez de la familia Prochilodontidae y actualmente su consumo local es muy importante en la zona lacustre.
La tilapia es un pez de agua dulce que podemos encontrar en arroyos con poca profundidad como estanques, ríos y lagos, además es poco común que viva en aguas salobres; es de clima cálido pero tolera bien los ambientes fríos.
En el lago de Pátzcuaro es posible encontrar ejemplares de carpa herbívora, también conocida como amur blanco, o por su nombre científico Ctenopharyngodon idella; es un pez de agua dulce, el segundo más cultivado en la industria de la acuicultura.
La carpa de Israel, conocida como Cyprinus carpio, tiene un ciclo de vida corto pero se considera invasor y una amenaza grave por competir con las especies autóctonas; esta especie se cultiva mucho en México, en climas templados y semitropicales.
La lobina negra es una especie de pesca en muchos países y en Pátzcuaro fue introducida de forma intencional para fementar el turismo.
Igualmente es posible encontrar ejemplares de Hypostomus plecostomus, llamado coloquialmente como pez diablo, una especie introducida y depredadora; actualmente se considera una amenaza para las otras especies y las autoridades fomentan su consumo para poder controlar su población.
En la actualidad el lago de Pátzcuaro camina hacia su extinción desde hace varias décadas, en las que presenta un proceso de descenso del agua y contaminación que las autoridades luchan por contrarrestar con programas y estrategias, las cuales han demostrado poca eficacia, de acuerdo a pobladores e investigadores de este cuerpo de agua emblemático de Michoacán y México.